Die Agglomeration Schaffhausen ist geprägt durch ihre Grenz- und Randlage. Sie umschliesst Teile des Kantons Schaffhausen, Gemeinden in der Zürcher und Thurgauer Nachbarschaft und erstreckt sich in Richtung Zürich, Singen/Konstanz und Waldshut auf Gebiete von Baden-Württemberg. Die Lösung von Problemen, die räumlich über die Staatsebenen hinausgreifen, stellt somit eine grosse Herausforderung für die ganze Region dar. Bereits heute existieren grenzüberschreitende Institutionen und Strukturen (Arbeitsgemeinschaft Randenkommission, internationale Bodenseekonferenz) mit dem Ziel, die Zusammenarbeit über die Grenzen hinweg zu verbessern und grenzüberschreitende Fragen aufeinander abzustimmen.

Der Bund verstärkt seit dem Jahr 2001 sein Engagement für städtische Agglomerationen. Er stellt deshalb technische und finanzielle Unterstützung bei der Durchführung innovativer Modellvorhaben von Kantonen und Städten bzw. Gemeinden zur Verfügung. Insgesamt unterstützt er verschiedene Modellvorhaben, darunter auch das Modellvorhaben "Agglomeration Schaffhausen Plus".

Der am 22. Juni 2006 gegründete Verein Agglomeration Schaffhausen verfolgt das Ziel, an bereits bestehende Zusammenarbeitsformen anzuknüpfen und langfristig in verschiedenen Bereichen gemeinsame Projekte zur realisieren.

Im Verein sind - neben den Kantonen Thurgau, Schaffhausen und Zürich sowie den drei Landkreisen Konstanz, Schwarzwald-Baar-Kreis und Waldshut und dem Regionalverband Hochrhein-Bodensee - 48 Gemeinden zusammengefasst.