Seit 1831 dient das Staatsarchiv als Endarchiv der Verwaltung, den Behörden, den Gerichten und Betrieben des Kantons Schaffhausen.
Es befindet sich seit Beginn des 17. Jahrhunderts am Rathausbogen.

Der Gesamtbestand umfasst ca. 4 km. Die Hauptbestände bilden die Hinterlassenschaften der durch die Reformation aufgehobenen Klöster Allerheiligen und Sankt Agnesen in Schaffhausen und Sankt Georgen in Stein am Rhein. Dazu kommen die Bestände der staatlichen Ämter, die bei der Aufhebung dieser Klöster zur Verwaltung des ehemaligen Klosterbesitzes geschaffen worden waren. Das älteste Dokument stammt aus dem Jahre 987.

Der Gesamtbestand umfasst im Wesentlichen:

• rund 6000 Urkunden
• vom Staat abgeschlossene Verträge bis in die Gegenwart
• Protokolle und Akten des Stadtstaates Schaffhausen bis 1830
• Protokolle und Akten des Kantons Schaffhausen seit 1831
• historische und moderne Karten und Pläne
• Bildquellen und Fotos zum Kanton Schaffhausen
• Deposita und Nachlässe von Einzelpersonen, Vereinen, Verbänden und Parteien
• eine historische und hilfswissenschaftliche Handbibliothek mit rund 25'000 Bänden